Nicolai Winther-Nielsen har igennem flere år arbejdet på teknologistøttet undervisning og online kollaboration. Hans ekspertise omfatter følgende specialisering inden for forsknings- og udviklingsfeltet Gammel Testamente og Informations- og Kommunikations- Teknologi (IKT) med særligt fokus på oline læring og kollaboration: 

1. Ansættelse på Aalborg Universitet i et eksternt lektorat 2009-2012 med speciale i vejledning inden for IKT og e-læring, og har dette område som en del af forskningsfeltet, i E2009 som vejleder i kollaboration mellem teens i kirkeligt regi. 
2. Fokusområdet 2009-2010 er udvikling af hebraiskundervisning på DBI. Interesserede vil kunne høre min 30 minutters introduktion til udviklingsarbejdet på DBI på linket Persuasive Hebrew Learning: the case for IT (login som gæst).
3. Forskning i perspektiverne i persuasive læringsobjekter og teknologi  (PLOT) ved Aalborg Universitet (Persuasive Learning Objects and Technology (Guest Access)), og vejleder i et projekt på dette felt.
4. Initiativtager til et netværk omkring læringsobjekter, som involverer Aalborg Universitet og Leeds University (Euro-PLOT).
5. I samarbejde med blandt andet Det Tyske Bibelselskab udvikles et pilotprojekt på Madagaskar i 2010 (klik HER og læs mere på http://www.danmission.3bmoodle.dk/). 
6. Deltagelse 7-8. oktober i den største globale online konference OTL 2009. 
7. Indgår i et netværk med en af udviklerne af et meget spændende projekt på Danmarks Tekniske Universitet (DTU) for 700 basisstuderende (se omtale på pol.dk (http://politiken.tv/nyheder/videnskab/article826095.ece) og deres video (http://e-math.imm.dtu.dk/index.php?id=90).
8. På planlægningsstadiet arbejdes med et samarbejde med Nava Bergman fra Gøteborg Universitet, men det forudsætter ekstern finansiering fra nordiske midler. 
9. På planlægningsstadiet involveret som ekstern forsker på et projekt ved Det Frie Universitet i Amsterdam fra 2010-2014.